L`analyse de réseau représente une alternative prometteuse dans de telles circonstances limitées de données [22 – 24]. Comme beaucoup de voies moléculaires dans l`EIA sont qualitativement bien décrites, les réseaux d`interaction peuvent être une approche appropriée pour caractériser l`EIA. Ces réseaux sont des représentations simplifiées des systèmes biologiques dans lesquels les composants du système tels que les gènes, les protéines ou les cellules sont représentés par des noeuds et les interactions entre eux par les arêtes [25]. Les modèles de réseau booléen, initialement introduits par Kauffman [26, 27], représentent les modèles dynamiques discrets les plus simples. Ces modèles supposent seulement deux États discrets pour les noeuds d`un réseau, ON ou OFF, correspondant aux valeurs logiques 1 (actif) ou 0 (non actif, mais pas nécessairement absent) [28]. Un modèle logique bien conçu pourrait générer des résultats prédictifs en raison d`un ensemble de conditions initiales. Des cadres qualitatifs et logiques ont émergé comme des approches pertinentes avec différentes applications, comme en témoigne un nombre croissant de modèles publiés [29]. En complément de ces applications, plusieurs groupes ont fourni diverses méthodes et outils pour soutenir la définition et l`analyse des modèles logiques, comme cela peut être vu par les récentes réalisations du Consortium pour les modèles et outils logiques (CoLoMoTo) dans la logique modélisation [30]. Il existe déjà plusieurs outils pour la modélisation booléenne des réseaux de régulation dans lesquels il est possible de définir des relations directes d`inhibition d`activation entre les composants du réseau, tels que BoolNet R [31] ou GINsim [32].
Plus récemment, le paquet R SPIDDOR (pharmacologie des systèmes pour le développement efficace de médicaments sur R), entre autres, a mis en place de nouveaux types d`interactions et de perturbations réglementaires dans le système, tels que les modulateurs positifs et négatifs et la les altérations du polymorphisme, qui conduisent à une dynamique plus riche entre les noeuds [28]. Le modèle IBD sera librement accessible au public par le biais du référentiel «the cell collective» https://cellcollective.org/#cb963d7f-75cb-4B2E-8987-0c7592a9c21d. Les modèles d`EIA induits chimiquement sont utilisés pour leur robustesse, leur reproductibilité et l`étiologie globale de la maladie, y compris certains changements immunologiques et histologiques dans le tractus gastro-intestinal ressemblant à la maladie humaine. À Charles River, nous offrons actuellement les modèles d`inflammation d`EIA et d`IG induits chimiquement suivants: le sulfate de dextran sodique (DSS) est un polysaccharide sulfaté avec des poids moléculaires variables. L`administration de DSS dans l`eau potable provoque l`activation de neutro ¬ Phils et de macrophages qui entraînent une fonction de barrière muqueuse compromise. En dépit de l`augmentation significative des cellules de Th17 dans l`EIA, les études accumulées récemment à partir de modèles animaux suggèrent que le rôle de Th17 dans la pathogenèse de l`EIA peut être beaucoup plus compliqué que prévu antérieurement. La neutralisation de l`activité de l`IL-17A entraîne la suppression du développement de la colite chez les souris IL-10 KO [45], et l`absence du récepteur IL-17 provoque la résistance des souris à la colite aiguë induite par l`acide trinitrobenzène (TNBS) [62]. De plus, l`absence d`une protéine d`adaptateur pour la signalisation IL-17R protège les souris des lésions intestinales induites par le DSS [63]. Par contre, on a montré que la neutralisation de l`activité systémique de l`IL-17A par l`administration de mAbs anti-IL-17A exacerbe les lésions intestinales aiguës induites par le Mas [64 •]. Aucun rôle pour l`IL-17 dérivé de Th17 n`a été démontré dans le modèle CD45RB [65], un modèle bien établi pour étudier le CD. Une étude récente montrant que la colite dans le modèle de CD45RB est médiée par les cellules de Th17 mais pas par l`IL-17 produit par ces cellules suggèrent que la biologie est compliquée [49, 66].
En outre, le rôle plutôt réglementaire de l`IL-17A dans le modèle CD45RB a été proposé récemment [67]. Des études futures peuvent être nécessaires pour déterminer si l`IL-17 peut être ciblé pour le traitement de l`EIA. Cette étude fournit à la communauté scientifique un (i) modèle d`EIA computationnel mis en œuvre dans le paquet SPIDDOR R [28], qui permet la traduction de modèles booléens (à l`exclusion des modèles englobant les opérateurs temporels) à un langage de balisage standard dans la biologie des systèmes pour modèles qualitatifs (SBML Qual [35]) qui favorisent l`interopérabilité des modèles, et (II) un référentiel avec les informations principales et actualisées connues du système immunitaire et de l`IBD, qui montre la transparence du modèle et permet la réutilisation des modèles.